Le mystère de la chambre noire
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Bonne réponse. Les films photographiques sont
sensibles à la lumière.
Effectivement, les films photographiques que nous utilisons
pour une autoradiographie (tout comme ceux que vous utiliserez
peut-être pour une radiographie aux rayons X), ne sont pas
différents de ceux que nous mettons dans les appareils
photos (enfin, pour ceux qui connaissent l’ancienne
technologie… optique). La lumière blanche
impressionne les films et il est donc nécessaire de les
manipuler à l’abri de la lumière. Si nous
vous avons posé cette question, ce n’est pas pour
vous révéler les secrets de la photographie d’avant
l’ère numérique, mais de vous sensibilisez au
fait qu’il faut, dans ce cas, manipuler un gel légèrement
radioactif dans des conditions difficiles (chambre noire).
Heureusement, nous travaillons avec des quantités très
faibles de radioactivité!
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Mauvaise réponse. Parce que le 14C est
phosphorescent.
Pensiez-vous que parce que toutes les réponses n°2
précédentes étaient les bonnes, ce serait
encore le cas ? Eh bien non, il faudrait arrêter d’aller
voir les films de série Z: le 14C n'est pas
phosphorescent. Vers la bonne réponse.
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Questions : La radioactivité est également
utilisée en médecine, pour certains examens cliniques.
Connaissez-vous l’examen
utilisant des isotopes radioactifs ? La radiographie utilise
des rayons X, qui sont finalement proches des radiations gamma
produites par certaines fissions nucléaires. Est-ce
que le principe de la radiographie est le même que celui de
l'autoradiographie ? Souvenez-vous du
type de dommages créés par les radiations ionisantes
sur l’ADN ?
Vous placez donc vos gels dans un film plastique et déposez
un film photographique par-dessus. Après 3-4 jours
d’exposition, vous développez vos films et pouvez enfin
comparer les protéomes ainsi isolés.
Issu
de l'article ayant inspiré
l'expérience.
Après choc acide, le protéome
du biofilm à gauche et celui de la forme planctonique à
droite.
Les films sont scannés. A l’aide d’un programme
informatique, vous identifiez environ 120 taches spécifiques
"sur-représentées" (correspondant à
des protéines ; combien de
protéines différentes trouve-t-on dans une bactérie
?) dans les biofilms après un stress acide.
Malheureusement, les seules informations que vous connaissez de ces
protéines, sont leur pI et leur taille approximative. Par
conséquent, nous allons maintenant essayer d’identifier
ces protéines.
Etape 5 : Identification des protéines.
Durant cette étape, vous récupérez vos
protéines du gel et les identifiez par Spectrographie de Masse
(Mass Spec).
Vous commencez par découper la zone du gel correspondant
aux «taches» repérées (une coloration des
protéines au bleu de coomassie peut s’avêrer utile
si vous n’avez pas d’autres repères visuels entre
votre gel et votre film photographique). Comme précédemment,
vous prenez les précautions nécessaires pour vous
protéger de ces échantillons radioactifs (ainsi que
votre environnement et vos collègues).
Il y a deux méthodes principales pour identifier une
protéine que vous avez isolée : une technique chimique
(la dégradation d’Edman) et une technique de «physique
nucléaire» (la spectrographie de masse, Mass Spec). Par
la technique chimique, les acides aminés sont coupés,
un par un, de la chaîne peptidique et identifiés par
chromatographie. Dans la spectrographie de masse, la protéine
est fragmentée en petits bouts par une protéase, puis,
on détermine la masse et la charge de chacun de ces bouts. A
l’aide des données collectées, on arrive à
reconstituer la composition (voire la séquence) de la
protéine. Si l’on connaît le génome de
l’organisme étudié, on peut identifier le gène
qui code pour cette protéine (comment
est-ce possible ?).
Vous donnez donc vos échantillons à la
plateforme protéomique du CMU, qui réalise
notamment l’identification de protéines par Mass Spec.
Devez-vous leur signaler que vos échantillons sont radioactifs
et comprennent du 14C ?
B. Emery. 21.11.05