Bonne réponse. Un marqueur de taille.

Effectivement, l’ADN du phage lambda représente 48.5kb (entièrement séquencé). La position de tous les sites de restriction de l’enzyme BstEII est connue. Par conséquent, nous connaissons la taille de tous les fragments générés par cette digestion. En chargeant l’ADN du phage digéré par cette enzyme, nous aurons un marqueur de taille efficace. Dans le gel, tous les fragments de taille identique migreront à la même vitesse.

Mauvaise réponse. Un chronomètre et une règle à mesurer.

Aïe! Nous voici retourné à l’âge de pierre. Je vous rappelle qu’il s’agit d’un TD de biochimie/biologie moléculaire, et non d'un cours de physique. Si vous espérez pouvoir connaître la position d’un fragment d’une taille donnée en fonction du temps de migration, je crains que vous ne perdiez énormément de temps, et pour un résultat plus que médiocre. En effet, il vous faudrait commencer par connaître la vitesse de migration de cette molécule dans le gel... autant dire que c’est possible, mais vous vous compliqueriez vraiment la tâche. Le bon choix était évidemment l’ADN coupé du phage lambda.

Mauvaise réponse. Préchauffer le gel

Idée étrange... et après, vous allez interrompre le gel à mi-course, comme dans les matchs de foot? Plus sérieusement, il arrive de devoir préchauffer les gels, pour augmenter leurs capacités de dénaturation (pourquoi ?). Cependant dans le cas de l’agarose c’est une très mauvaise idée. A 65°C, l’agarose fond et devient liquide. Comment voulez-vous réussir à séparer quelque chose dans une «soupe» ? De plus, en quoi le fait de chauffer le gel pourra vous aider à déterminer la position de vos fragments après migration. La bonne réponse était évidemment l’ADN coupé du phage lambda.