Bonne réponse. Agarose

Effectivement c’est le bon choix. Les fragments d’ADN de plusieurs kilobases (kb) sont des molécules de très grandes tailles. Par conséquent, l’usage d’agarose s’impose. Vous souhaitez récupérer les fragments tels que vous les avez coupés, il faut donc éviter, à tout prix, une dénaturation de l'ADN.

Mauvaise réponse. Agarose + Formaldéhyde

Mauvais choix. Vous désirez récupérer les fragments que vous avez coupé dans l’état ou vous les avez laissés... et non sous forme d’ADN simple brin. Il faut donc proscrire les conditions dénaturantes. Si vous tentez de réparer votre erreur en tentant de réhybrider les brins entre eux (en éliminant le formaldéhyde), vous n’obtiendrez malheureusement rien d’utilisable (illustration). Par contre, l’agarose était le bon choix. Vers la bonne réponse.

Mauvaise réponse. Acrylamide

Mauvais choix. L’acrylamide est habituellement utilisé pour séparer les protéines ou les ADN/ARN de très petites tailles (<500 nucléotides). Autant dire que vos gros fragments ne migreront que très très difficilement dans ce gel. La bonne réponse était agarose non dénaturant.

Mauvaise réponse. Acrylamide + Urée.

Le pire choix possible, non seulement l’acrylamide forme un réseau trop dense de fibres, empêchant les gros fragments d’ADN (que vous avez) de migrer dans le gel, mais de plus, vous y avez ajouté de l’urée, séparant ainsi les brins complémentaires d’ADN (votre expérience est donc fichue car les brins complémentaires issus d'un même fragment, ne se retrouveront jamais dans ce mélange de fragments «chevauchants» ; voir l’illustration). La bonne réponse était agarose non dénaturant.