Digestion de l'ADN génomique

Bonne réponse. Digestion partielle par Sau3A.

C’est un bon choix (pas celui fait dans l'expérience d'origine, mais même les chercheurs peuvent se tromper). Sau3A génère des fragments d’une taille moyenne de 256pb (44). Mais attention, si votre réaction est trop longue, vous couperez tous les sites de restriction et n’aurez que des petits fragments. Il vous faudra donc faire quelques tests pour vous assurer de ne pas trop couper votre ADN. Dans le cas de cette expérience en particulier (faire une banque d’insertion), une digestion partielle par BamHI suffit (voir la réponse suivante). Si par contre, votre but avait été de faire une banque génomique utilisée pour une complémentation, alors Sau3A aurait été le seul choix et, vous auriez sélectionné des fragments plus petits (3 à 8 Kb, pourquoi ?). Souvenez-vous que les méthodes utilisées dépendent de votre but final !

 

 

Bonne réponse. Digestion partielle par BamHI

C’est un assez bon choix qui convient parfaitement dans cette expérience. Les fragments moyens générés par une digestion complète par BamHI font 4kb (46). En faisant une digestion partielle (1 site sur 2), vous pouvez vous attendre à obtenir des fragments moyens de 8kb (exactement entre 4 et 12). Vers l’autre bonne réponse.

 

 

Mauvaise réponse. Digestion complète par BamHI.

C’est un mauvais choix. Les fragments auront une taille moyenne de 4kb mais surtout tous vos génomes coupés seront identiques: autant dire qu’avoir purifié autant de génomes ne servait pas à grand chose. Dans l’idéal, afin de ne pas biaiser notre banque, il faut privilégier la formation de fragments chevauchants et donc effectuer une digestion partielle (où tous les sites de restriction ne seront pas coupés). Ainsi, certains de vos fragments comporteront une version non-tronquée du gène X (c’est un exemple), alors que d’autres comporteront probablement une version tronquée.

Si vous ne comprenez pas bien l'explication, cette image devrait vous aider. Vers la bonne réponse.

 

 

Mes félicitations, vous avez réussi à isoler l'ADN génomique de C. albicans et, à le couper en fragments de différentes longueurs.

 

 

Troisième étape : Electrophorèse et récupération des fragments.

Après cette digestion partielle, vous disposez, en théorie, de fragments de tailles très diverses. Certains sont très (trop) petits et d’autres très (trop) grands. Afin d’optimiser l’efficacité de la transformation dans les bactéries (après ligation donc), vous allez réaliser une électrophorèse pour séparer les fragments selon leur taille, afin de prendre les fragments mesurant entre 3kb et 12kb uniquement (en dessous, ils seraient trop petits pour être utiles et, au-dessus, ils seraient trop difficiles à amplifier dans les bactéries).

A nouveau, plusieurs (dont beaucoup de mauvais) choix s’offrent à vous. Allez-vous faire un gel : (cliquez sur la bonne image)

De polyacrylamide non-dénaturant

De polyacrylamide (+Urée) dénaturant

D’agarose non-dénaturant

D’agarose (+Formaldéhyde) dénaturant

Pour vous aider à choisir, apprenez qu’un gel d’agarose forme un réseau relativement «lâche» de filaments. Au contraire, l’acrylamide polymérise en formant un réseau très dense de filaments et donc, rend très difficile le passage de grosses macromolécules. Lorsqu’on dénature l’ADN, on sépare les deux brins qui le compose. Si ces termes vous semblent absolument incompréhensibles, ne paniquez pas... car nous allons voir ensemble, après cette expérience, toutes les méthodes de séparation de molécules (en nous concentrant particulièrement sur l’électrophorèse).

 

B. Emery. 21.11.05