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Bonne réponse. Mélange de protéines marquées ou non, ne gène pas. Effectivement, vous avez un mélange de protéines marquées et non-marquées (pas beaucoup, mais quand même). Celles qui ont été synthétisées par la bactérie avant l’addition d’acide aminé radioactif, ne comporteront pas de 14C. Cependant, le fait d’avoir des protéines radioactivement marquées vous permet de les détecter spécifiquement par autoradiographie (application directe d’un film photographique sur les échantillons), il n’est donc pas nécessaire d’enlever les protéines non-marquées. |
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Mauvaise réponse. Que des protéines marquées. Pour la suite de l’expérience, votre erreur ne vous portera pas préjudice puisqu’il n’est pas nécessaire d’enlever les protéines non-marquées. Cependant, elles sont belles et bien présentes dans votre extrait. Certes, il n’y en aura pas beaucoup, car en général le renouvellement des protéines dans les bactéries est assez important (est-ce la même chose pour les protéines humaines p.ex ?). La bonne réponse était le choix n° 2. |
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Mauvaise réponse. Mélange de protéines marquées ou non, nécessitant une séparation par ultracentrifugation sur gradient de CsCl. Effectivement, il y a un mélange de protéines marquées et non-marquées dans votre extrait. Cependant, les protéines non-marquées ne nuisent pas du tout à la suite de l’expérience (puisque la révélation se fera par autoradiographie et seules les protéines marquées seront donc détectées). De plus, votre méthode de séparation n’est absolument pas adaptée. Rappelez-vous que dans une cellule, il y a énormément de protéines différentes : des grosses, des petites, des fortement chargées et des faiblement chargées, etc. N’oubliez pas non plus que leur composition en acides aminés est très différentes et que par conséquent, leur poids moléculaire (PM, en Da) varie énormément. Alors certes les protéines marquées seront un peu plus «lourdes» (PM plus élevé) que leurs équivalentes non-marquées. Malheureusement après centrifugation, les «petites» protéines marquées se retrouveront simplement avec celles un peu plus «grosses» mais non-marquées (et non clairement séparées des autres). La bonne réponse était le choix 2. |
Dans cette étape, vous allez réaliser une isoelectrofocalisation des protéines.
Afin d’identifier les protéines qui diffèrent d’une culture à l’autre, il vous faut les séparer. L’électrophorèse bidimentionnelle est la méthode la plus simple pour séparer clairement un grand nombre de protéines très différentes. En effet, comme vu pendant la synthèse précédente, vous effectuez non seulement une séparation des protéines selon leur charge (est-ce que deux protéines composées des mêmes acides aminés peuvent avoir un pI différent ?), mais également selon leur poids moléculaire (est-ce que des protéines ayant le même pI peuvent avoir des PM différents ?).
Pour cela, vous préparez un gel d’acrylamide présentant un gradient de pH stabilisé (de 4 à 10). Vous appliquez vos protéines à l’extrémité acide du gel et branchez le courant électrique (auriez-vous pu charger vos protéines à l’autre extrémité ?). Vous partez boire un café avec des collègues (qui finalement se prolonge en une passionnante discussion) et vous en oubliez votre gel.
Vous rappelant enfin (après plusieurs heures) de votre électrophorèse, vous voyez déjà tout votre joli travail partir en fumée. Vos protéines ont certainement trop migré et sont sorties du gel. Est-ce vraiment le cas ?
Il faudra tout recommencer. |
Finalement, ça devrait aller. |
Pour vous aider, rappelez-vous par quel paramètre les protéines sont séparées, et quelle est leur charge lorsqu’elles atteignent le pH correspondant à leur pI ?
B. Emery. 21.11.05